代休の賃金

代休を取得させた場合、その日の賃金を支払う必要はありますか？

代休を取得した場合は、本来の労働日に就労していませんが、使用者による就労免除のため賃金は発生することになり、割増賃金の支払い義務もあるといえます。

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代休の割増賃金

代休は、事前に休日と労働日を振り替える「振替休日」とは異なり、休日労働をさせた後、事後的に休日を与えることをいいます。

休日労働をさせた事実は確定しているので、割増賃金を支払わなければなりません。

代休を取得した場合、代休取得日には、本来の労働日に就労してはいませんが、使用者による就労免除であるため、通常賃金（1.00）は発生することになり、割増賃金の支払い義務も生じます。
法定休日労働であれば３割５分（0.35）、所定休日労働であれば２割５分（0.25）の割増率となります。

代休と就業規則

代休は、就業規則に必ずしも規定しなければならない制度ではありません。

しかし、休日労働の日に、いくら支払うかを明確にするためには、就業規則に規定しておくべきです。

就業規則に「代休が付与された場合は、割増部分のみ支払う。」と規定することで、包括的同意による相殺となり、その相殺には合理性があるといえます。
このような相殺規定を設けることによって、規定どおり、0.35、あるいは0.25のみの支払いで足りることになるものと考えます。